6个研究背景和意义示例,教你写计算机生物标志物论文

今天分享的是关于生物标志物的6篇计算机毕业论文范文, 如果你的论文涉及到生物标志物等主题,本文能够帮助到你

幼年特发性关节炎患儿外周血清中HMGB1在疾病诊断及活动度评估中的意义

这是一篇关于高迁移率族蛋白1,炎症,生物标志物,幼年特发性关节炎,活动度的论文, 主要内容为目的:分析不同病程的幼年特发性关节炎(JIA)中高迁移率族蛋白1(HMGB1)的表达水平,评估其在JIA疾病诊断及活动度评价中的意义。方法:前瞻性纳入在重庆医科大学附属儿童医院风湿免疫科确诊的JIA患儿,收集其初诊、1个月、3个月和6个月随访时的血样,同时收集反应性关节炎患儿和健康儿童的血样作为对照。使用酶联免疫吸附试验测定HMGB1的水平,收集并分析包括年龄、性别、病程、疾病活动度评分等临床疾病特征和常规实验室检查结果。结果:共纳入64名儿童,其中女性31名(48.4%)。JIA患儿初诊中位年龄为9.25(1.42-15.42)岁,中位病程为2.38(1.53-49.31)月。与其他组相比,s JIA患儿初诊时血清HMGB1水平较多关节RF(+)组(22.73±11.61 vs 10.24±4.44,P=0.0020)、多关节RF(-)组(22.73±11.61vs 8.17±2.12,P<0.0001)、少关节型组(22.73±11.61 vs 11.69±3.48,P=0.0100)、附着点炎症相关关节炎亚组(22.73±11.61 vs 12.34±6.62,P=0.0069)、反应性关节炎组(22.73±11.61 vs 6.39±1.83,P<0.001)、健康儿童组(22.73±11.61 vs 3.97±0.98,P<0.0001)均显著升高。与健康对照组相比,与附着点炎症相关的关节炎亚组HMGB1水平也明显升高(12.34±6.62 vs 3.97±0.98,P=0.0455)。初诊时,HMGB1水平与病程呈负相关(rs=-0.4604,P=0.0028),与C反应蛋白(rs=0.4069,P=0.0092)、中性粒细胞百分比(rs=0.3174,P=0.0460)和铁蛋白(rs=0.3629,P=0.0214)之间呈显著正相关。所有样本的结果显示JIA患儿的血清HMGB1水平与红细胞沉降率(rs=0.2027,P=0.0102),C反应蛋白(rs=0.3129,P<0.0001),中性粒细胞百分比(rs=0.2094,P=0.0079),JADAS-27(rs=0.5400,P<0.0001),s JADAS-27(rs=0.7264,P<0.0001)和JSp ADA(rs=0.4211,P=0.0164)显著相关。结论:血清HMGB1可能与JIA的临床疾病活动有关,其中s JIA患儿初诊时血清HMGB1显著升高,提示其可能成为JIA敏感的炎症标志物及新的治疗靶点。

幼年特发性关节炎患儿外周血清中HMGB1在疾病诊断及活动度评估中的意义

基于4D-DIA质谱的心理压力疾病生物标志物发现研究

这是一篇关于心理压力疾病,质谱,生物标志物,特征选择,缺失值填充的论文, 主要内容为心理压力疾病是指由于一系列生理、心理和社会因素所引起的具有明显症状的疾病,通常伴随着强烈的焦虑、紧张、抑郁、愤怒、恐惧等情绪,严重影响患者正常的生产和生活。近年来,心理压力相关疾病的患病率逐年升高。当前对心理压力疾病的诊断多采用量表、问卷或访谈的形式,尚未发现能客观诊断心理压力疾病的外周血标志物,且量表具有明显的非特异性,精神科医生的熟练程度和严重的缺口也影响着疾病的诊断。因此迫切需要发现能对心理压力疾病进行及时预警的蛋白质生物标志物。随着蛋白质组学和质谱技术逐渐兴起,越来越多的研究人员通过质谱技术发现疾病的蛋白质生物标志物,但大多是基于统计学习方法,无法较好的分析高通量、高灵敏度的质谱数据,且对发现的生物标志物验证时不够客观。针对以上问题,本文基于上海市某精神卫生院的临床4D-DIA质谱数据,提出了新的心理压力疾病生物标志物发现方法。该方法通过深度学习方法进行谱库构建。并通过提出的两阶段筛选方法进行生物标志物的发现,利用提出的靶标相关性算法进行验证。最后基于本文的方法设计并搭建了心理压力疾病生物标志物发现及应用系统。研究内容主要包括以下三个方面:1)基于质谱数据的蛋白鉴定。质谱数据格式复杂、鉴定困难,本文选取了基于LSTM的谱库构建方法和基于max DIA的蛋白解析方法。为了给下游生物标志物发现服务提供质量高的蛋白定量数据,提出了基于图神经网络的蛋白缺失值填充算法。该算法基于欧氏距离构建样本相似性网络图,通过随机漫步进行图中样本节点的抽样,并根据学习到的特征向量进行图重构和边预测,对邻域计算得到缺失值。最后在抑郁症公开质谱数据集上进行实验,表明了本文的方法对质谱蛋白鉴定目标任务的有效性。2)基于两阶段筛选和可信度验证的差异蛋白分析。本文提出了基于两阶段筛选和可信度验证的差异蛋白分析方法。其中筛选部分包括基于融合方法的差异蛋白初筛和基于可解释SVM的差异蛋白二次筛选,以最大可能地发现能更好区分两类样本的生物标志物。同时,为了验证分析得到的生物标志物,本文提出了靶标相关性评分算法,通过对知识图谱中包含的大量先验知识的挖掘得到疾病与蛋白质的相关性评分。并在抑郁症公开数据集上进行实验,表明了所提出的方法优于目前的主流方法。3)心理压力疾病生物标志物发现及应用系统构建。本文首先对心理压力疾病量表数据进行数据分析,然后将本文所提出的方法应用到心理压力疾病4D-DIA质谱数据,发现肌动蛋白、血小板因子4、激肽原-1等蛋白质生物标志物。本文又基于质谱数据的生物标志物发现需求,设计并实现了心理压力疾病生物标志物发现与应用系统,有效地提升了基于质谱的生物标志物发现的效率。

结直肠癌表观遗传学标志物数据库的构建及生物信息学分析

这是一篇关于结直肠癌,表观遗传学,生物标志物,系统生物学的论文, 主要内容为结直肠癌是发生在结肠或者直肠内壁的恶性肿瘤,在癌症中全世界致死数排名第二。因此,找出敏感性、特异性较好的生物标志物对于提高结直肠癌的诊断精度、监测结直肠癌患者预后和治疗效果具有重要意义。本课题主要分为两部分:第一部分,我们通过人工方式收集数据,构建了结直肠癌表观遗传学生物标志物数据库CRC-EBD(www.sysbio.org.cn/EBD)。该数据库采用B/S架构,用户可以通过浏览器直接访问。目前,数据库中合计收录了 334条结直肠癌表观遗传学生物标志物数据。第二部分,我们整合结直肠癌甲基化芯片数据、人类蛋白质相互作用关系以及CRC-EBD中的数据,重点分析结直肠癌DNA甲基化诊断标志物的网络拓扑学特征和生物功能特征,并据此筛选出了 23个潜在甲基化生物标志物,其中的大部分CpG有较高的AUC值,10个基因已经报道与结直肠癌相关或者可以作为候选标志物。此外,我们通过对这些潜在标志物基因进行功能富集分析,从系统生物学角度研究了这些标志物参与的结直肠癌发生和发展机理。我们的数据库为相关医疗工作者和科研人员提供了查询结直肠癌表观遗传学生物标志物的交互式平台,为后续研究提供了便利。同时,我们通过网络拓扑学分析寻找新的潜在DNA甲基化生物标志物,为结直肠癌发病机理和诊断治疗提供了方向和思路。

心力衰竭生物标志数据库构建及生物信息学分析

这是一篇关于心力衰竭,生物标志物,数据库,系统生物学的论文, 主要内容为心力衰竭作为一种复杂高发的心血管疾病,现在已越来越受到公众的重视。近年来,大量的心衰生物标志物已被相继发现和报道。因此,开发一个综合的心力衰竭生物标志物数据库是非常有意义的。它不仅可以为心衰的管理提供有利的依据,而且还可以为心力衰竭的诊断和治疗提供全面的理解。在本论文中我们首先通过手动搜集PubMed数据库中收录的数据建立了一个综合的心力衰竭生物标志物数据库HFBD(A Database of Multi-Level Biomarkers for Heart Failure,http://sysbio.org.cn/HFBD/)。该数据库主要采用了经典的B/S架构,并拥有用户良好的web页面可供访问。目前该数据库中共收录了 1237篇原始文献、2618条数据条目以及868个多种类的心衰标志物(731个单一的,137个组合的)。其次,我们分别对HFBD中的蛋白类和miRNA类标志物进行了生物信息学分析。我们通过构建HFBD中蛋白类标志物的蛋白质相互作用网络和分析网络中所有节点的度属性找到了 IL6、ALB、TNF等10个能参与心衰发生发展机制的重要基因,以及通过对这些蛋白类标志物进行功能富集分析找到了细胞外空间、疟疾等心衰相关的重要条目和通路。接着我们通过构建HFBD中miRNA类标志物miRNA-Target调控网络和对网络中的靶基因进行功能富集分析找到了 HILPDA、AKIRIN1等4个潜在的心力衰竭治疗新靶点以及蛋白结合、癌症通路等心衰相关的重要通路。最后,我们通过对基因表达数据进行了多步整合的生物信息学分析最终筛选出了 STAT3、FBXO32、BMP4等17个可以作为潜在心衰诊断标志物的hub基因。本论文从系统角度出发,为心力衰竭的管理、早期诊断和治疗提供了全面的理解,具有一定的理论意义和实践应用价值。