中医药防治冠心病稳定型心绞痛可视化分析和网络药理学机制探讨

这是一篇关于中医药,稳定型心绞痛,CiteSpace,复方丹参滴丸,网络药理学的论文, 主要内容为目的:应用Cite Space软件绘制中医药防治SAP领域研究文献的知识图谱,系统梳理整合中医药防治SAP研究领域的研究热点和发展趋势;基于网络药理学方法对SAP治疗优势处方复方丹参滴丸的活性成分、有效靶点、潜在作用机制进行探讨,以期为中医药防治SAP现代化提供理论支撑。材料与方法:以CNKI作为文献数据来源,检索建库以来～2021年11月30日中医药防治SAP的中文学术期刊文献,应用Cite Space 5.8.R3软件对该研究领域的文献时间分布、载文期刊来源、高频被引文献、作者和研究机构合作网络、关键词可视化分析加以归纳,绘制相关知识图谱进行分析;通过TCMSP数据库检索复方丹参滴丸的活性成分和活性成分对应有效靶点,通过检索Gene Cards、CTD数据库获取SAP疾病靶点,借助韦恩图在线平台和网络拓扑分析插件Cyto NCA筛选复方丹参滴丸-SAP核心靶点,采用STRING数据库在线平台进行PPI网络构建,采用Cytoscape 3.9.0软件进行“疾病-药物-活性成分-核心靶点”调控网络构建,利用Omic Share云平台联合R 3.6.1软件对复方丹参滴丸-SAP核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:1.中医药防治SAP领域研究文献发文量整体呈现波动上升趋势,载文期刊以核心期刊为主,文献水平良好,且仍有进一步提高空间。2.中医药防治SAP领域研究尚未形成广泛联系的作者合作网络,核心研究人员匮乏、结构整体松散;研究机构前沿阵地主要集中于中医药大学及其附属医院,各研究机构间合作较为紧密,但跨机构、跨地区之间合作较少,今后应加大研究成果沟通、加强人才交流和区域合作、形成多中心紧密合作网络,构建多元化、精准化研究脉络。3.中医药防治SAP领域研究热点内容主要包括治疗方法、临床疗效、辨证分型、量化理化指标等多个方面,辨证分型和临床疗效一直是研究者的关注重点和研究焦点,今后应从随机对照试验标准化、并发症预防、技术手段丰富化和中医药防治SAP基础机制研究等内容加以探讨,为推动中医药现代化和国际化提供理论支撑。4.通过网络药理学分析得到复方丹参滴丸活性成分68个、有效靶点251个以及SAP疾病靶点2259个,应用网络拓扑分析插件Cyto NCA筛选获得复方丹参滴丸-SAP核心靶点65个。5.通过PPI网络构建和“疾病-药物-活性成分-核心靶点”调控网络构建可知复方丹参滴丸多成分、多靶点治疗SAP的作用机制,关键活性成分包括槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇、丹酚酸、积雪草酸,关键核心靶点包括AKT1、TP53、JUN、HSP90AA1、EGFR、STAT3、TNF、CASP3。6.通过核心靶点GO功能富集分析得到复方丹参滴丸治疗SAP功能途径主要包括DNA结合结构域转录因子活性调控、氧化应激反应、类固醇激素反应、细胞因子受体结合、类固醇激素受体活性、激素核受体结合、转录复合体、核染色质等内容。7.通过核心靶点KEGG通路富集分析得到复方丹参滴丸治疗SAP通路途径主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化、TNF信号通路、IL-17信号通路、Th17细胞分化、甲状腺激素信号通路等内容。结论:1.中医药防治SAP领域研究文献发文量整体呈现波动上升趋势,载文期刊以核心期刊为主,但尚未形成广泛联系的作者合作网络,研究机构前沿阵地主要集中于中医药大学及其附属医院,各研究机构间合作较为紧密,但跨机构、跨地区之间合作较少,研究者与研究机构间合作的交互性较差。同时,中医药防治SAP研究是该领域的研究热点和研究趋势。2.复方丹参滴丸治疗SAP的关键活性成分包括β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、积雪草酸、丹酚酸,关键核心靶点包括AKT1、TP53、JUN、HSP90AA1、EGFR,功能途径包括氧化应激反应、细胞因子受体结合、类固醇激素受体活性、转录复合体,通路途径包括流体剪切应力、TNF信号通路、IL-17信号通路、甲状腺激素信号通路,复方丹参滴丸治疗SAP具有多途径、多靶点作用的特点,初步揭示核心靶点涉及的生物学过程和信号通路,为后续研究提供参考和依据。

基于网络药理学和分子对接探讨柴胡治疗肝硬化作用机制的研究

这是一篇关于肝硬化,柴胡,网络药理学,分子对接的论文, 主要内容为目的肝硬化是由一种或多种病因激发并伴随多种肝功能障碍的慢性肝病。肝硬化临床发病率高,危害大,除肝移植外,目前西医并无治疗肝硬化的切实办法,常采用保肝、抗病毒等疗法。但治疗费用高昂,长期用药易产生抗药性,也会损伤消化系统功能,加重肝肾负担,疗效不佳。中医治疗却有独特的疗效。本研究利用网络药理学方法并结合分子对接技术探究中药柴胡治疗肝硬化的活性成分和作用靶基因,并推断其作用机制。从而为柴胡治疗肝硬化的实验及临床研究提供依据。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出柴胡的化学成分和相关靶点,再将靶点输入Uni Prot数据库对靶点进行标准化。从Dis Ge Net、Gene Cards数据库筛选出肝硬化的疾病基因,再由在线软件venny2.1.0分析并导出共同靶基因。使用Cytoscape3.8.2软件建立“柴胡活性化合物-靶基因”网状图,STRING数据库生成蛋白互作网络,PPI拓扑分析并筛选出核心靶基因。导入DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析,采用R程辑包(tidyr、stringr、ggpubr、ggplot2)对GO分析结果以及KEGG分析结果进行可视化。最后利用软件Auto Dock Tool1.5.6对核心靶基因与柴胡活性成分进行分子对接,以此检验活性成分与核心靶基因的结合性能。结果从TCMSP数据库筛选出柴胡的有效活性成分17种,分别为:3,5,6,7-四甲氧基-2-(3,4,5-三甲氧基苯基)色酮、山柰酚、乙酸芳樟酯、槲皮素、豆甾醇、茵陈黄酮、黄芩苷、异鼠李素、柴胡皂苷、龙胆素A、曲克芦丁、牵牛花色素、α-谷甾醇、川白芷内酯、羟基羽扇豆烷宁、荜澄茄素、Sainfuran,这17种成分分别作用于194个靶点。从Gene Cards和Dis Ge Net数据库筛选出肝硬化相关基因4754个。基于venny2.1.0获取柴胡与肝硬化共同靶基因159个。通过PPI分析并筛选获得15个核心靶基因,分别为:AKT1,TP53,IL6,TNF,VEGFA,JUN,IL1B,CASP3,HIF1A,MYC,EGFR,PTGS2,EGF,MMP9,CCND1。GO富集分析获得细胞表面受体信号通路等生物进程共615条、粘着斑等细胞组分共65条、蛋白二聚活性等分子功能共121条。KEGG分析得到通路130条,其中高度相关通路包括癌症途径、乙型肝炎、TNF信号通路等。分子对接结果显示乙酸芳樟酯与PTGS2、EGF结合良好,山柰酚与CASP3、JUN、TNF结合良好好,槲皮素与MYC、EGFR、CCND1结合良好。结论柴胡可通过乙酸芳樟酯、山柰酚、槲皮素影响肝硬化的多个靶点,从而起到治疗肝硬化的作用,其关键靶基因为PTGS2、EGF、CASP3、JUN、TNF、MYC、EGFR、CCND1。相关通路为hsa05200癌症途径、hsa05161乙型肝炎、hsa04668 TNF信号通路。本研究可为深入阐明柴胡治疗肝硬化机制提供理论依据。

基于网络药理学及蛋白质组学的肝龙胶囊抗肝纤维化作用机理研究

这是一篇关于肝龙胶囊,肝纤维化,网络药理学,蛋白质组学的论文, 主要内容为目的:本课题以网络药理学研究为基础,对生物信息学及常用数据库信息汇总,结合数据发掘、文献筛选等方法,研究肝龙胶囊活性成分、作用靶点和生物过程之间的关联,对其作用机制进行预测及筛选。同时采用四氯化碳(CCl4)构建肝纤维化动物模型,通过TMT定量蛋白质组学技术,在蛋白质水平上检测大鼠肝组织组间差异蛋白,利用生物信息学分析方法进行功能分析和蛋白质相互作用网络分析,深入探究肝龙胶囊主要有效成分抗肝纤维化的关键靶点和通路。方法:1.通过大量资料查询肝龙胶囊所含主要化合物,将化合物导入Swiss Target Prediction数据库,推测并筛选药物的潜在靶点。在Dis Ge Net、Drug Bank、OMIM、Gene Cards数据库中搜索肝纤维化的相关潜在靶点。二者重合的靶点即为肝龙胶囊治疗肝纤维化的作用靶点,重合靶点利用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化操作。Cytoscape软件与STRING 11.5数据库相结合,获取PPI网络关系,并使用Cytoscape软件绘制PPI网络图。再将所得靶点导入DAVID数据库进行相关功能及通路分析,筛选出肝龙胶囊抗肝纤维化的相关通路;2.实验动物选取SPF级雄性SD大鼠,CCl4对大鼠进行腹腔注射,建立肝纤维化模型;3.以肝龙胶囊和秋水仙碱作为受试药和阳性对照药干预四周,对肝纤维化大鼠进行治疗;4.观察并记录各组大鼠的一般状态、体重变化以及肝脏病理组织学改变程度;5.采用ELISA试剂盒检测大鼠肝纤维化四项指标以及血清生化指标谷草转氨酶(AST)、谷丙转氨酶(ALT)水平;6.应用TMT定量蛋白组学技术,对正常组、肝纤维化模型组、秋水仙碱组及肝龙胶囊组大鼠肝脏组织标本进行蛋白质鉴定与定量。在总蛋白中选出较为突出的差异蛋白,并对其进行功能分析。根据GO功能分析和KEGG通路分析结果筛选肝龙胶囊抗肝纤维化的相关蛋白与通路。结果:1.基于文献检索收集出52个肝龙胶囊有效成分,经Swiss ADME数据库筛选得出44个肝龙胶囊可能有效成分化合物,而后通过Swiss Target Prediction数据库对靶点进行预测,最终获得得到265个药物靶点,基于Drug Bank、OMIM、Gene Cards、Dis Ge Net数据库得到1613个肝纤维化相关靶点,结合药物靶点获得97个共同靶点,导入至STRING 11.5数据库,获得PPI网络图。而后利用Cytoscape 3.9.0再次绘制靶蛋白PPI网络,通过Degree值大小对PPI网络中的预测肝龙胶囊治疗肝纤维化的靶点进行筛选,得出IL-6、HSP90AA1、CASP3、VEGFA、STAT3等靶点可能为药物治疗肝纤维化作用的核心靶点。依据GO分析生物过程主要与脂多糖的反应、蛋白质磷酸化、MAPK级联的正向调控、炎症应答、ATP结合、酶结合、蛋白激酶活性等有关。KEGG富集分析得出相关靶点主要涉及PI3K-Akt、MAPK、HIF-1、VEGF等信号通路;2.CCl4造模后,模型组大鼠出现“炸毛”现象,且体毛易脱落,肝脏纤维黏连严重,颜色深红,肝脏指数升高(P<0.05)。治疗后,肝龙胶囊给药组的大鼠体征,食欲等均有所好转,肝脏黏连程度缓解,肝脏指数与正常组差异变小;与正常组相比,模型组大鼠血清中转氨酶及肝纤维化四项含量明显升高(P<0.05),肝龙胶囊治疗后,大鼠血清中上述指标含量明显降低趋于正常组,且存在剂量依赖性(P<0.05),提示肝龙胶囊能够减轻肝纤维化作用;3.病理染色结果显示,肝龙胶囊能够通过减少肝纤维化大鼠肝脏的纤维区异常增生和炎性细胞浸润,以及改善肝纤维化大鼠肝脏胶原沉积和结缔组织的增生,达到减轻肝纤维化的目的;4.蛋白质组学结果显示,采用TMT标签和LC-MS技术,定性、定量检测出6392个蛋白质。同模型组相比,肝龙胶囊实验组差异表达明显的蛋白共73个,涵盖正调控蛋白43个,负调控蛋白30个,通过生物信息学基因本体GO分析,在生物过程(BP)水平,肝龙胶囊与细胞过程、生物调节、代谢等过程显著相关;在分子功能(MF)水平,肝龙胶囊与结合、转运等功能显著相关;在细胞组分(CC)水平,肝龙胶囊与细胞、细胞器等组分显著相关,表明肝龙胶囊通过众多靶点及通路进而体现抗肝纤维化作用。基于肝龙胶囊KEGG富集分析研究,化学致癌-活性氧,氧化磷酸化,HIF-1与TGF-β信号通路等重要通路发生了显著变化,推测肝龙胶囊抗肝纤维化作用机制涉及到氨基酸合成和代谢、细胞外基质的调节及细胞凋亡过程。在蛋白相互作用网络分析得出肝龙胶囊可能与Arg1、Cps1、Mat1a、Sds、Tdo2、Gls2之间的功能存在相关性。结论:1.网络药理学初步预测了IL-6、HSP90AA1、CASP3、VEGFA、STAT3等靶点为药物治疗肝纤维化作用的核心靶点。PI3K-Akt、MAPK、HIF-1、VEGF等信号通路为治疗肝纤维化的核心通路,展现了肝龙胶囊成分多样,靶点、通路众多的作用特点,为后续深入分析肝龙胶囊抗肝纤维化作用的药理学研究提供新思维。2.肝龙胶囊能够有效减轻肝纤维化,且存在剂量依赖性。3.肝龙胶囊在抗肝纤维化的蛋白质组学研究发现,该药通过氧化磷酸化、TGF-β、HIF-1等信号通路发挥抗肝纤维化作用,改善CCl4诱导的大鼠肝纤维化。进一步分析表明,Arg1、Cps1、Mat1a、Sds、Tdo2、Gls2是肝龙胶囊治疗肝纤维化的关键蛋白,通过上述蛋白发挥抗肝纤维化作用。

贞术调脂胶囊治疗高脂血症肝郁脾虚证“方-病-证”网络体系构建及方药作用特点挖掘

这是一篇关于贞术调脂胶囊,高脂血症,肝郁脾虚证,网络药理学,知识图谱的论文, 主要内容为研究背景和目的意义:高脂血症是临床常见病,因其与动脉粥样硬化性疾病密切相关,越来越受到重视,成为研究的热点。尤其是近年来发现高脂血症临床常伴随多种代谢紊乱并存,加大了治疗的难度。中医药以辨证论治为主,在应对上述多种代谢紊乱并存的临床棘手问题上,显示出了一定的优势与特色。肝郁脾虚证是临床常见证候,也是高脂血症的主要证候之一。FTZ是治疗高脂血症的复方中药,具有调肝启枢、燥湿化痰、祛瘀化浊的功效,既往的临床与实验研究显示其具有降脂、降糖、抗炎等综合作用。因中药复方存在多成分、多靶点特性;高脂血症病理机制也是多基因、多靶点、多通路的;同时肝郁脾虚证的现代研究也提示了该证候体内生物学机制的多靶点、多途径、多系统性。面对3个复杂系统,如何能建立其“方-病-证”网络,并可视化呈现三者之间的关系,是中医证候研究中亟需解决的关键科学问题之一,也是对中医药研究的新技术新方法的有益探索和尝试。基于此,本研究尝试基于网络药理学的原理和技术,利用现有的疾病、方药、证候的研究结果,分别建立FTZ成分-靶点、高脂血症-相关基因、肝郁脾虚证-相关基因3个数据库,进一步利用网络药理学技术建立FTZ-高脂血症(方-病)、FTZ-肝郁脾虚证(方-证)、高脂血症-肝郁脾虚证(病-证)三个网络,通过对三个网络的对比分析,最终建立“方-病-证”网络体系,并利用上述网络体系,系统、可视化呈现FTZ治疗该病证的作用特点。本研究将FTZ(方药)、高脂血症(疾病)、肝郁脾虚证(证候)3个复杂系统散在的研究结果进行了系统化、网络化的呈现,为用“现代科学解读中药学原理”研究提供了可借鉴的技术和方法。同时,所建立的相关数据库,为后期建立“方-病-证”预测模型奠定了坚实基础。所揭示的FTZ作用特点,对该方药的临床应用具有重要的指导意义。方法:1.在中国期刊全文数据库中检索肝郁脾虚证相关文献,利用知识图谱的方法对关键词进行可视化分析,揭示该领域的研究现状、研究热点及研究趋势,并探讨该证候所涉及疾病谱及研究方法的演变规律及趋势。2.通过文本数据挖掘及TTD、Drugbank、OMIM、Genecards数据库查找FTZ的成分及其作用靶点、高脂血症相关靶点、肝郁脾虚证相关靶点,分别建立FTZ成分-靶点、高脂血症-相关靶点、肝郁脾虚证-相关靶点3个数据库,并利用网络药理学的分析方法对FTZ的潜在作用靶点、高脂血症靶点、肝郁脾虚证靶点进行GO分析及KEGG通路分析。3.借助网络药理学的方法构建“药物-成分-靶点-疾病”网络、“药物-成分-靶点-证候”网络及“药物-成分-靶点-病证”网络;在上述网络的基础上构建“方-病”PPI网络、“方-证”PPI网络、“病-证”PPI网络、“方-病-证”PPI网络,进而根据靶点的度值、介数中心性值、紧密中心性值等筛选“方-病”PPI网络、“方-证”PPI网络、“病-证”PPI网络、“方-病-证”PPI网络的关键靶点及核心靶点;对FTZ治疗高脂血症、FTZ治疗肝郁脾虚证、高脂血症肝郁脾虚证及FTZ治疗高脂血症肝郁脾虚证的关键靶点进行GO分析及KEGG通路分析。4.检索相关数据库中与FTZ相关的文献,使用Meta分析方法评价FTZ治疗血脂异常的疗效,并利用FTZ实际的临床和实验研究结果与所构建的网络进行关联性分析,阐释FTZ的药效特点。结果:1.肝郁脾虚证领域的研究热点集中在证候生物学基础研究、中医药治疗等;研究趋势由临床研究转向基础研究;该证候疾病谱由神经系统、消化系统疾病逐渐转变到桥本氏甲状腺炎、代谢综合征、DM、血脂异常等内分泌代谢性疾病。2.建立了FTZ成分-靶点、高脂血症-靶点、肝郁脾虚证-靶点3个数据库,上述靶点的GO分析、KEGG通路分析结果如下:(1)FTZ有效成分174个,潜在作用靶点368个;GO分析结果为对脂多糖、酒精、营养水平、氧气水平的反应、神经递质活性、配体激活转录因子活性、DNA结合转录因子结合等;其最显著富集的KEGG通路为脂质与动脉粥样硬化。(2)高脂血症靶点有5597个,其GO分析结果为脂质的定位及转运、类固醇代谢、脂多糖、肽类激素等生物过程;其最显著富集的KEGG信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路;可通过INS通路、PI3K/Akt通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PPAR通路等通路调节糖代谢及脂代谢。(3)肝郁脾虚证相关靶点有1355个,其GO分析结果为对脂多糖的反应、营养水平、化学突触传递的调节、衰老等;其最显著富集的KEGG通路为经活性配体受体相互作用。3.建立了“方-病”网络、“方-证”网络、“病-证”网络、“方-病-证”网络体系,分析上述网络可获得以下结果:(1)“方-病”网络共有484个节点,2298条边,网络密度为0.020,FTZ治疗高脂血症的靶点可能参与对脂多糖的反应、对氧化应激的反应、对肽类激素的反应等生物过程;涉及的通路有脂质与动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路等。(2)“方-证”网络共有337个节点,1497条边,网络密度为0.026。FTZ治疗肝郁脾虚证的靶点可能参与对脂多糖的反应、平滑肌细胞的增殖及其调控、肽类激素等生物过程;涉及的通路有糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路等。(3)“病-证”网络共有801个节点,20921条边,网络密度为0.065。高脂血症肝郁脾虚证的GO分析结果显示其病理过程涉及对脂多糖的反应、细胞因子生成的正调控、上皮细胞增殖等;其最显著富集的KEGG信号通路为脂质与动脉粥样硬化。(4)“方-病-证”网络有327个节点,1455条边,网络密度为0.027,FTZ治疗高脂血症肝郁脾虚证的关键靶点参与对脂多糖的反应、平滑肌细胞的增殖调控、凋亡细胞的调控等生物过程,主要涉及的信号通路有糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1信号通路、IL-17信号通路、脂质与动脉粥样硬化等。4.共纳入17项随机对照研究,结果显示,FTZ能降低TC、TG、LDL-C,并提高HDL-C水平。将实际研究与所构建的网络进行关联分析发现,FTZ可通过174个成分、368个靶点、211条通路协同实现对内分泌系统、神经系统、免疫系统等多个系统的调节,可作用于AMPK信号通路、PPAR信号通路等通路而发挥调脂、降糖、改善骨质量、抗肠道衰老、调节能量代谢及氨基酸代谢等多重药效;并通过调控脂质的合成、转运、分解等过程而实现降脂疗效的长期稳定。结论:1.运用网络药理学和知识图谱的方法,可以构建“方-病”网络、“方-证”网络、“病-证”网络和可视化呈现“方-病-证”的复杂体系。2.高脂血症的发病机制与糖尿病、动脉粥样硬化、非酒精性脂肪肝等疾病发生发展密切相关;脂代谢和糖代谢有共性的靶点和通路,提示糖脂代谢紊乱可一体化认识和综合防治。3.“病-证”网络共有801个节点(靶点),提示了肝郁脾虚证与高脂血症之间可能有共同的生物学基础,从分子水平阐释了高脂血症肝郁脾虚证发展过程的复杂性及其相互之间的关联,为病证结合研究提供理论依据和数据支撑。4.FTZ具有多成分、多靶点、多通路协同作用的特点,可综合调节多个系统而发挥调脂、降糖、改善骨质量、抗肠道衰老、调节能量代谢及氨基酸代谢等多重药效,并可调节脂质代谢的全过程而实现降脂疗效的长期稳定。

胡镜清应用五苓散治疗老年期痴呆辨证要点及其作用机制研究

这是一篇关于五苓散,知识图谱,可视化,网络药理学,靶点预测的论文, 主要内容为研究目的:基于网络药理学的方法研究五苓散治疗老年期痴呆的潜在活性成分及相关通路,进一步揭示其作用机制,为五苓散治疗老年期痴呆提供理论依据。研究方法:(1)通过收集2019年9月至2021年12月期间,导师胡镜清研究员用五苓散加减治疗老年期痴呆的医案,利用Excel软件建立研究数据库,并参照相关标准进行数据规范。以每一个医案为共现依据,分别构建证候、症状、舌脉、治法、方药的矩阵数据库,采用Spss Modeler进行矩阵共现,用Aprior建模。最后,将得到的证候、症状、舌脉、治法、方药的矩阵数据导入(Gephi-0.9.2)进行可视化分析。(2)使用TCMSP数据库,分别检索并收集泽泻、茯苓、猪苓、白术、桂枝的化学组成成分。基于Uniprot数据库,对五苓散活性成分以及对应的靶点名称进行统一,得到药物的潜在作用靶点。将得到的五苓散的活性成分以及对应的靶点上传至Cytoscape3.9.0软件进行构建五苓散药物-成分-靶点的网络图。在Gene Cards数据库中,以“Alzheimer”为关键词检索,下载老年期痴呆相关靶点。将得到的药物靶点和老年期痴呆的相关靶点,运用Venny 2.1在线工具进行比对筛选出五苓散与老年期痴呆的共同靶标基因,以获得五苓散治疗老年期痴呆的潜在靶点。把得到的潜在靶点基因输入到STRING数据库进行检索,即可得到PPI网络数据,运用Cytoscape3.9.0软件构建潜在靶点蛋白的相互作用网络,使用Centiscape2.2插件,对网络进行拓扑学分析。用生物信息学资源数据库DAVID对五苓散作用于老年期痴呆的潜在靶点进行GO、KEGG通路富集分析。最后,利用五苓散与老年期痴呆的共同靶点基因与通路注释分析的结果,采Cytoscape3.9.0建立“疾病-药物-靶点-通路”网络模型进行分析。研究结果:(1)共纳入29个医案,涉及8种证候,54种症状,27种舌脉,8种治法,62味中药。借助可视化软件Gephi构建胡师用五苓散加减治疗老年期痴呆的知识图谱。(2)共得到五苓散的有效成分50种,删除重复活性成分后共46种。其对应靶点108个,删除重复靶点后共44个靶点。其中白术含有7种有效成分,18个作用靶点;茯苓含有15种有效成分,21个作用靶点;桂枝含有7种有效成分,50个作用靶点;泽泻含有10种有效成分,9个作用靶点;猪苓含有11种有效成分,10个作用靶点。(3)共得到1401个老年期痴呆相关靶点,运用Venny 2.1在线工具得到五苓散与老年期痴呆的交集靶点共有30个。(4)构建PPI网络,得到8个核心靶点分别是ACHE、CAT、PTGS2、CASP3、NR3C1、JUN、ESR1、RELA。(5)通过KEGG富集分析得到Pathways in cancer、Lipid and atherosclerosis、Pathways of neurodegeneration-multiple diseases等81条信号通路。GO富集分析得到217条信号通路,其中BP有response to estradiol、response to lipopolysaccharide、response to drug等135个条目,CC有neuron projection、membrane raft、macromolecular complex等37个条目,MF有RNA polymerase II transcription factor activity,ligand-activated sequence-specific DNA binding、enzyme binding、steroid binding等45个条目。研究结论:(1)胡师用五苓散化裁治疗老年期痴呆的典型症状为:健忘、小便频、失认、不寐;核心舌脉为:脉沉、脉细、苔水滑、齿痕舌。(2)通过检索TCMSP数据库发现五苓散有多种活性成分,主要包含MOL000358(β谷甾醇)、MOL000296(蛇床子素)、MOL000049(3β-乙酰氧基苍术酮)、MOL004576(花旗松素)、MOL000492(儿茶素)等活性成分可能成为五苓散治疗老年期痴呆的核心成分。(3)通过五苓散活性成分的靶点预测筛选出ACHE、CAT、PTGS2、CASP3、NR3C1、JUN、ESR1、RELA等靶点作为五苓散治疗老年期痴呆的核心靶点。(4)通过KEGG、GO分析发现五苓散主要通过PI3K-Akt signaling pathway、TNF signaling pathway、Apoptosis、Pathways in cancer、Lipid and atherosclerosis等通路发挥发挥治疗老年期痴呆的作用。

基于网络药理学和动物实验探究芝麻素对大鼠SAH后早期脑损伤的神经保护作用及潜在机制研究

这是一篇关于网络药理学,早期脑损伤,蛛网膜下腔出血,芝麻素的论文, 主要内容为目的:利用网络药理学分析芝麻素(Sesamin,SSM)作用于早期脑损伤(Early brain injury,EBI)的关键靶点及信号通路,在网络药理学结果指导下,进一步通过动物实验探究SSM对大鼠蛛网膜下腔出血(Subarachnoid hemorrhage,SAH)后EBI神经保护作用及潜在机制,为SSM治疗EBI提供实验依据。方法:第一部分:SSM治疗EBI的网络药理学分析获取及收集SSM有效作用靶点及EBI相关靶点,并通过信号通路富集,探讨SSM发挥治疗EBI作用的关键靶点及信号通路。第二部分:SSM对大鼠SAH后EBI神经保护作用及潜在机制基于网络药理学分析预测结果进行动物实验验证,实验用60只Sprague-Dawley雌性大鼠(SD雌性大鼠)随机分为假手术组(Sham组,n=15)、蛛网膜下腔出血组(SAH组,n=15)、蛛网膜下腔出血组+安慰剂组(Vehicle组,n=15)、蛛网膜下腔出血+SSM组(SSM组,n=15)组共4组,Sham组只切开头皮,行颅骨钻孔,剩余组通过视交叉前池注血方法制备大鼠SAH模型,Vehicle组在蛛网膜下腔出血制备成功后予以二甲基亚砜(SSM溶剂)腹腔内注射,SSM组予以腹腔内注射SSM溶液(40mg/kg),于造模成功后给药,每24h一次,连续给药2次。于造模48h后对大鼠进行m NSS神经评分、处死大鼠后断头取脑进行脑组织干湿重检测、检测claudin-5表达情况观察实验各组大鼠血脑屏障(Blood brain barrier,BBB)完整性、TUNEL染色检测神经细胞凋亡情况、免疫组化和western blot检测Bcl-2、Bax、Caspase-3的表达情况。利用Image J软件定量分析图片,SPSS27.0软件进行统计学分析。结果:第一部分:网络药理学研究表明SSM与EBI存在共有等66个共同靶点;PPI分析SSM作用于EBI共有ALB、EGFR、SRC、ESR1、MAPK1、HIF1A、CASP3(caspase-3)、MAPK14等26个核心靶点;GO富集分析得到交集基因富集至186条生物过程通路、38条细胞组分表达过程、75条分子功能相关的过程;KEGG分析得到101条信息通路。第二部分:1)改良大鼠神经功能评分(m NSS):SAH组大鼠评分明显高于Sham组(P<0.05),SAH组与Vehicle组评分未见明显差异(P>0.05),SSM组大鼠评分明显低于Vehicle组(P<0.05)。2)脑含水量:SAH组大鼠脑组织含水量明显高于Sham组(P<0.05);SAH组大鼠脑组织含水量与Vehicle组对比未见明显差异(P>0.05);SSM组与Vehicle组相比脑组织含水量显著降低(P<0.05)。3)TUNEL凋亡实验:Sham组TUNEL阳性细胞数低于SAH组(P<0.05);SAH组与Vehicle组TUNEL阳性细胞数无明显差异(P>0.05);SSM组TUNEL阳性细胞数低于SAH组(P<0.05)。4)血脑屏障完整性:Sham组claudin-5的阳性率明显高于SAH组(P<0.05);SAH组与Vehicle组的claudin-5的阳性率相比较未见显著差异(P>0.05);SSM组claudin-5的阳性率较Vehicle组明显升高(P<0.05)。5)Bcl-2、Bax、Caspase-3的阳性表达:Sham组Bcl-2阳性表达率明显高于SAH组(P<0.05);SAH组与Vehicle组Bcl-2阳性表达率无显著差异(P>0.05);SSM组Bcl-2阳性表达率较Vehicle组明显升高(P<0.05)。Sham组Bax、Caspase-3阳性表达率明显低SAH组(P<0.05);SAH组与Vehicle组Bax、Caspase-3阳性表达率无显著差异(P>0.05);SSM组Bax、Caspase-3阳性表达率较Vehicle组明显降低(P<0.05)。6)Bcl-2、Bax、Caspase-3的表达量:Sham组Bcl-2表达量明显高于SAH组(p<0.05);SAH组与Vehicle组Bcl-2对比无统计学差异(P>0.05);SSM较Vehicle组Bcl-2表达量明显升高(P<0.05)。Sham组Bax、Caspase-3的表达量明显低于SAH组(P<0.05);SAH组与Vehicle组Bax、Caspase-3的表达量无明显差异(P>0.05),SSM组与Vehicle组相比Bax、Caspase-3的表达量明显降低(P<0.05)。结论:第一部分:SSM可能通过作用于Caspase-3等多靶点、多种生物学及细胞凋亡等多信号通路作用于EBI,证明SSM可能是EBI的潜在治疗药物。第二部分:SSM可以减轻SAH后EBI的神经损伤、BBB破坏及脑水肿以及SSM可能通过调控Bcl-2/Bax/Caspase-3凋亡通路抑制神经细胞凋亡,减轻EBI后的细胞凋亡,发挥神经保护作用。

迟莉丽教授治疗慢性萎缩性胃炎用药规律挖掘及核心组方网络药理学研究

这是一篇关于慢性萎缩性胃炎,迟莉丽,数据挖掘,网络药理学的论文, 主要内容为目的:总结迟莉丽教授辨治慢性萎缩性胃炎(CAG)的用药规律与核心组方,并对核心中药治疗CAG的作用机制进行探究。方法:归纳、整理2019年1月-2022年12月期间就诊于山东中医药大学附属医院迟莉丽教授门诊并符合纳入标准的CAG患者的病案信息,建立数据库,应用Micosoft Excel 2016、SPSS Statistics 25.0及SPSS Modeler 18平台整理、分析病例的基本信息,总结用药规律及核心组方。利用TCMSP数据库及HERB数据库获取核心组方活性成分及蛋白靶点。基于Dis Ge NET数据库、OMIM数据库、Gene Cards数据库得到CAG疾病靶点库。继而将核心组方靶点与CAG疾病靶点匹配,得到核心组方-CAG共同潜在靶点。将共同靶点录入STRING数据库,构建PPI网络图,运用Cytoscape3.7.2软件进行拓扑分析,得到核心组方-CAG核心靶点。最后,运用Metascape平台对核心靶点蛋白进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以探索核心组方的可能作用机制。结果:1.本研究共纳入596例患者,其中男性296例,女性300例,年龄在50-59岁患病率最高,占总体38.93%。2.患者常见临床表现包括胃胀、胃痛、眠差、口干、烧心、反酸、偏焦虑、口苦、偏抑郁、畏寒、嗳气频、纳差、大便排出不畅等;舌质以暗红舌、红舌为主;舌苔以黄腻苔、白腻苔占比最高;脉象多为弦脉及弦细脉。3.处方统计:(1)共计纳入1457首处方,高频药物包括茯苓(99.04%)、半夏(98.70%)、炙甘草(96.02%)、重楼(88.95%)、檀香(79.55%)、麦芽(78.93%)、丹参(78.59%)、白芍(55.18%)、柴胡(54.98%)、白及(49.28%)等。(2)药物性味归经统计结果显示:四气中主要为平性(34.30%)、寒性(30.42%)、温性(26.83%);五味属性多为甘味(47.47%)、苦味(38.54%)、辛味(36.41%);药物多归属于脾经(65.89%)、胃经(53.96%)、肺经(51.89%)。(3)Apriori算法设置支持度为30%,置信度为95%,最大前项数为1,结合迟莉丽教授临床实践应用,获得常用高频药对包括茯苓-麸炒白术、茯苓-党参、茯苓-半夏、茯苓-黄连、佩兰-豆蔻、柴胡-白芍、丹参-檀香等。(4)运用聚类分析共得到5个常用中药聚类组合。类别一:黄连、竹茹、佩兰、豆蔻、薏苡仁、淡竹叶,药物共出现频次占比为12.44%;类别二:炒谷芽、炒麦芽、白及、海螵蛸,药物共出现频次占比为6.83%;类别三:党参、麸炒薏苡仁、香附、砂仁,药物共出现频次占比为7.84%;类别四:牡丹皮、栀子、柴胡、白芍、薄荷、麸炒白术、远志、茯神、龙骨,药物共出现频次占比为18.95%;类别五:茯苓、半夏、麦芽、重楼、檀香、丹参,药物共出现频次占比为30.74%。类别五药物组合出现频次占比最高,紧密度最高,故将该组方作为治疗CAG核心组方进行机制探究。4.运用TCMSP数据库及HERB数据库获取核心组方有效成分及潜在靶点,Dis Ge NET数据库、OMIM数据库、Gene Cards数据库获得CAG疾病靶点,二者匹配得到核心组方-CAG共同靶点82个。5.运用STRING平台构建PPI网络,经拓扑分析得到核心靶点,包括IL6、AKT1、TP53、INS、PTGS2、STAT3、TNF、VEGFA、CASP3、MYC。对应核心有效成分包括baicalein(黄芩素)、beta-sitosterol(β-谷甾醇)、cryptotanshinone(隐丹参酮)、diosgenin(薯蓣皂素)、isorhamnetin(异鼠李素)、isovitexin(异牡荆黄素)、linolenic acid(亚麻酸)、luteolin(木犀草素)、oleic acid(油酸)、tanshinone IIa(丹参酮IIA)等。6.GO及KEGG富集分析结果显示:核心组方作用通路可能与干预细胞增殖、细胞凋亡、信号传导等有关。结论:迟莉丽教授认为CAG本虚标实、虚实夹杂,病位主在脾胃,主张基于“虚毒瘀”,以健脾益气、消浊解毒、行气化瘀为基本治则论治本病。核心中药包括茯苓、半夏、麦芽、重楼、檀香、丹参。组方核心有效成分为黄芩素、β-谷甾醇、隐丹参酮、薯蓣皂素、异鼠李素、异牡荆黄素、亚麻酸、木犀草素、油酸、丹参酮IIA等,具有抗炎、抗氧化、抗癌等作用,并通过干预细胞增殖、细胞凋亡、信号传导等通路发挥治疗CAG的作用。