给大家推荐5篇关于文献挖掘的计算机专业论文

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“药食同源”黄精防治糖尿病心肌病的古今文献挖掘及实验研究

这是一篇关于黄精,药食两用,糖尿病心肌病,文献挖掘,文献计量学,实验研究,黄精多糖的论文, 主要内容为目的通过对黄精古籍文献的深入挖掘和对现代文献特征和研究趋势等进行文献计量学分析,同时通过实验研究验证黄精多糖防治糖尿病心肌病的效应机制,以期为药食同源类物质黄精的临床应用提供理论及实验依据,为探讨有效防治糖尿病心肌病的饮食干预提供借鉴和指导。方法1.古籍文献挖掘:检索收集《中华医典》(第五版)中收录的有关黄精的所有条文,应用Excel 2019统计分析不同时期黄精的功效主治、古代方剂、药物配伍等。2.现代文献计量分析:基于Cite Space可视化软件分析黄精的研究现状和发展趋势;3.实验研究:以高脂饲料联合链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)的方法复制2型糖尿病大鼠模型,黄精多糖分别按照200mg、400mg/kg两个剂量组连续干预8周,通过观察黄精多糖对模型大鼠一般体征、血糖、心肌组织病理形态学(HE和Masson染色)等的影响,研究黄精多糖防治糖尿病心肌病的药物效应;借助Western blot、RT-q PCR等实验方法和技术,研究模型大鼠心肌组织NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路相关蛋白和基因表达的变化规律,探讨黄精多糖防治糖尿病心肌损伤的作用机制。结果1.古籍文献挖掘:共纳入古籍文献156本,黄精条文356条。包含12类古籍,自汉代以来历代都有相关古籍记载。除本草、医经、方书、医案等类别对黄精有详细记载外,养生食疗类专著中也有较多的记载。黄精的功效主治在历代本草古籍中略有不同,但均强调其补益功效和食用价值。共整理出56首包含黄精的方剂,统计出126味与黄精配伍的中药,其中配伍频次较高的多为枸杞子、人参等药食两用滋补中药。配伍结果显示黄精与诸药配伍主要发挥改善诸虚劳损、消渴内热等作用。2.现代文献计量分析:共纳入2385篇文献,发文量整体呈上升趋势。高产作者所属机构多为各省份中医药大学。作者知识图谱显示,我国形成的合作团队合作紧密度不高,国外形成的3个合作团队合作较为密切。关键词共现和聚类结果显示,黄精多糖、抗氧化、中医治疗、糖尿病是本领域的研究热点。关键词突现词结果显示,黄精炮制、实验研究是本领域研究前沿。3.实验研究:(1)与正常组比,模型组大鼠精神萎靡,皮毛光泽缺失,饮食量、饮水量和尿量明显增加。(2)与正常组比,8周后,模型组大鼠血糖和糖化血红蛋白水平显著升高(P<0.01),INS水平显著降低(P<0.01);超声心动图检测结果显示,模型组大鼠EF和FS值显著降低(P<0.01);HE及Masson结果提示,模型组大鼠心肌组织出现了明显的断裂、纤维化、炎细胞浸润等病理学改变;模型组大鼠心肌组织CK、BNP、c TNI和MDA水平显著升高(P<0.01),GSH、SOD显著降低(P<0.01)。(2)与模型组比,黄精多糖各剂量组干预后模型大鼠血糖、糖化血红蛋白显著降低(P<0.05和P<0.01),INS水平显著升高(P<0.01);大鼠EF和FS值显著升高(P<0.05);HE及Masson结果也提示模型大鼠心肌组织病理学损伤得到显著改善;大鼠心肌组织CK、BNP、c TNI和MDA水平显著降低(P<0.01),GSH、SOD显著升高(P<0.01)。(3)与正常组比,模型组大鼠心肌组织NLRP3、Caspase-1、GSDMD的蛋白和m RNA表达显著增加(P<0.01)。(4)黄精多糖各剂量组与模型组比,心肌组织NLRP3、Caspase-1、GSDMD的蛋白和m RNA表达显著减少(P<0.01)。结论黄精自古以来被历代医家用作药食两用,具有滋阴润肺,补益脾肾等功效,也常和其他药食两用物质配伍形成滋补的方剂。黄精现代研究整体呈不断增长的趋势,目前的研究热点是黄精多糖、抗氧化、糖尿病等,研究趋势逐渐向黄精炮制、实验研究等领域演变,存在作者、机构及国家合作度不高的问题。黄精多糖可抑制炎症反应、氧化应激保护心肌细胞,显著改善糖尿病诱发的心脏形态、结构和功能改变,具有显著地防治糖尿病心肌病的作用;NLRP3/Caspase-1/GSDMD信号通路的过度激活可能是糖尿病诱发心肌损伤的重要分子机制。

奶牛产奶量相关影响因素知识图谱的研究与构建

这是一篇关于文献挖掘,知识图谱,奶牛产奶量,BERT的论文, 主要内容为产奶量是奶牛最重要的经济性状之一,探究影响产奶量的相关因素对于高产奶牛的培育有着重要意义,一直是科研人员的研究重点之一。目前,奶牛产奶量与相关影响因素的关联关系散落于海量的生物医学文献中,且还没有相应的较为系统的关联关系知识库。针对以上问题,本文基于文献挖掘技术,研究和构建了奶牛产奶量相关影响因素的知识图谱和可视化平台,为研究人员进一步研究奶牛产奶量与其相关影响因素的关联关系提供知识库支撑。具体工作如下:(1)构建奶牛产奶量相关影响因素数据集。以Pub Med生物医学文献库为原始数据来源,爬取与产奶量相关的文献摘要17635篇,采用半自动化的方式,利用生物医学领域工具对文献摘要进行命名实体识别和关系抽取,在领域专家的指导下,经过人工筛查核验,共得到产奶量、基因、物种、疾病、环境、化学物质等六类标签的相关实体32807个,实体间关系15686条,相关文献属性6万余条。(2)构建奶牛产奶量相关影响因素知识图谱。采用自底向上的知识图谱构建方式,以奶牛产奶量相关影响因素数据集为基础,进一步完成知识融合后得到<实体1,关系,实体2>的三元组7000余条、<实体,属性,属性值>的三元组6万余条,将这些三元组信息通过py2neo接口导入到Neo4j图数据库中,完成相关知识图谱的构建。(3)在构建奶牛产奶量相关影响因素数据集时,发现没有该垂直领域知识抽取工具,通用领域工具提取率较低、准确率较差等问题。针对这类问题,本文以奶牛产奶量相关影响因素数据集为数据支撑,构建了对应的实验数据集,并选取在生物医学领域表现较好的BERT-Bi LSTM-CRF模型进行命名实体识别实验,经过多轮迭代训练最终准确率达到了92.09%,并在此基础上通过不同实验进行对比分析,验证了BERT-Bi LSTM-CRF模型的有效性。同时,由于奶牛产奶量影响因素相关文献中存在着大量实体密度分布高、实体间关系交错互联的情况,构建了基于多通道自注意力机制(Multi-Channel Self-Attention,MCatt)的Bi LSTM-MCatt模型进行关系抽取实验,最终各类关系抽取的平均F1值为82.28%,并在此基础上与其他模型进行对比实验,验证了Bi LSTM-MCatt模型的有效性。命名实体识别和关系抽取的模型训练方便了后续知识图谱的不断扩充。(4)构建奶牛产奶量相关影响因素知识库平台。平台采用基于Web的前后端分离技术,包含了奶牛产奶量影响因素领域的实体查询、关系查询、知识图谱概览和实体识别及关系抽取的功能,可以帮助研究人员快速锁定相关知识,加快研究进程。

基于知识图谱的绒山羊基因-表型-变异知识库构建

这是一篇关于文献挖掘,知识图谱,绒山羊,知识抽取的论文, 主要内容为我国有丰富的山羊品种资源,具有非常明显的特征,如高繁殖性、抗逆性、耐粗饲等特点。其中绒山羊以其优良的纤维生产特性在我们的日常生活中起着重要的作用。关于羊绒的研究始于二十世纪五十年代,随着羊绒加工业的发展,羊绒市场也出现了供不应求、价格上涨的趋势,国内外的羊绒消耗需求日益增长,因此我国优质的羊绒生产及研究也得到了有益发展。然而研究表明近年来羊绒的纤维细度变得越来越粗,羊绒的细度及质量受到绒山羊研究人员开始关注,并以如何提高羊绒的数量和质量作为研究方向,不仅如此,绒山羊的奶、肉及抗病抗逆性等资源都是研究重点。绒山羊基因-表型-变异相关数据是生物学家进一步筛选与经济性状相关主效基因的基础。本文在挖掘文献的基础上,首次提出将知识图谱技术应用到绒山羊基因-表型-变异实体关联关系领域。针对目前缺少绒山羊基因-表型-变异数据库的问题,采用自然语言处理的文献挖掘技术,从Pub Med生物医学文献库中自动提取绒山羊变异相关文献摘要,对原数据进行数据预处理,删除作者详细信息及出版商信息等数据,根据知识图谱实体关系结构保留文献PMID,标题及摘要等数据。通过知识抽取得到与绒山羊相关71个基因的表型变异关联数据,然后采用爬虫技术提取外部数据库基因相关信息,进一步补全和优化知识,提高知识图谱质量,基于知识图谱将关联关系进行可视化,采用Neo4j图数据库以三元组形式存储关系数据,同时设计开发了绒山羊基因-表型-变异知识图谱可视化平台,该平台提供实体查询、关系查询及完整的知识谱图展示。

中西医关联数据的集成及关系可靠性分析研究

这是一篇关于中西医,关联数据集成,疾病基因关系,文献挖掘,可靠性分析的论文, 主要内容为中医药是人类宝贵的财富,随着精准医学模式的提出,中医与西医领域的知识融合已成为必然趋势,以中医领域宏观概念为出发点与西医领域微观概念关联为主要目的的工作是基础并且十分重要的一环。当前,医学领域知识大都零散地分布在各类异构数据源当中,为全面系统的知识查询以及分析工作带来了较大的困难。此外,在中西医关联数据中,有些关系如疾病-症状、处方-中药、中药-化学成分之间的关系是确定的,而疾病-基因关系由于本身的复杂影响机制,其可靠性需要进一步研究,就目前疾病-基因关系数据的总体规模而言,被确认的关系不到总数的2%。因此,本文围绕上述问题,开展了以下研究工作:(1)收集整合了6种中西医领域本体,包括中医证候本体、中药本体、人类表型本体、疾病本体、化学物质本体和基因本体,9种中西医领域关联关系,包括证候-症状、证候-处方、处方-功效、处方-草本药物组成、疾病-症状、疾病-基因、药物成分-基因、中医症状-西医症状以及中药-化学成分。在以上数据的基础上,本文利用医学主题词表匹配方法,构建了基于领域本体的中西医关联数据集成模型,该模型基于本体和关联数据在概念层面的映射进行异构数据源的集成。此外,本文通过B/S架构模式开发了中西医关联数据集成系统,实现了中西医关联数据查询以及领域本体可视化等功能,为发现中西医跨领域的潜在知识提供基础,并有利于进一步提高中医药科学研究和疾病诊疗水平。(2)针对关联数据中疾病基因关系的可靠性问题,本文提出基于文献数据的自动化可靠性判别方法。该方法将疾病基因对应支撑文献的丰富度、影响力、临床转化等指标作为特征,利用权威的疾病基因关系公开库对该数据集进行标注,在此基础上,本文通过开展高可靠疾病基因关系的判别实验,采用多种分类算法(逻辑回归、支持向量机、神经网络以及随机森林)进行模型效果的对比,结果显示基于随机森林的疾病基因关系判别模型效果较好,经交叉验证后模型的AUC均值稳定在0.83左右。这表明,本文提出的基于文献数据的疾病基因关系可靠性评价方法具有一定的可行性,特别是提供了在大规模疾病基因关系中进行高可靠类别快速筛选的潜力,有望为医学研究人员以及临床医生准确把握疾病机理提供重要的参考依据。