新冠疫情相似句对判定
Index
- 算法说明
- 代码说明
- 运行环境
- 运行说明
- 参考资料
1. 算法说明
本解决方案使用了基于病名\药名的数据增强+模型融合+训练时-测试时增强+伪标签的解决方案 * 基于病名\药名的数据增强 Data augmentation
根据比赛组织方的信息,总共肺炎”、“支原体肺炎”、“支气管炎”、“上呼吸道感染”、“肺结核”、“哮喘”、“胸膜炎”、“肺气肿”、“感冒”、“咳血”十个病种,但是在train和dev数据集中仅仅出现了八个病种,其他的两个“肺结核”与“支气管炎”病种并没有出现,推测在test中包括了剩下的两个病种,是这次比赛的一个关键信息。
本次比赛需要模型学习的内容主要包括以下几个点:匹配语义信息,病名信息,药名信息,病理信息,我们需要针对这四个点来进行数据增强。
在测试集中,“肺结核”和“支气管炎”两个病种的测试数据中显然含有我们已有标注数据没有的病名、药名信息,但是这些信息是较为易得的;对于语义匹配信息和病理信息,1. 其生成难度要远远高于前两者,2.且很可能改变原数据集中的语义匹配和病理信息,出于这两点考虑,本解决方案采取了替换原数据中病名\药名的数据增强。
在实现过程中,挑选了病理与“肺结核”、“支气管炎”较为接近的“支原体肺炎”与“哮喘”标注数据中的部分样本,作病名替换,添加到原始标注数据中作为训练数据集。LB上升1.9个千分点(96.10->96.29)
- 模型融合 models fushion
本解决方案使用了ernie + bert_wwm_ext + roberta_large_pair的融合模型,对最后的结果使用平均值。具体的来源和下载地址见参考资料。提升2.5个千分点(95.75->96.10)
- 训练时-测试时增强 train-test time augmentation
本解决方案中,在预测时,首先用原测试集预测一遍标签;然后将原测试集的query1和query2字段交换,再次预测一遍;最后将两个结果相加作为最后的预测结果。出于训练时模型拟合方向的偏差考虑,在训练时也训练了两种模型,分别用于预测正序\逆序时的数据集,这一做法的提高非常稳定。
这样的技巧是为了让模型在学习\预测过程中看到数据的更多方面,结合数据中包含的边角信息。LB上升2个千分点(95.59->95.75)
注:这个地方的提升不仅是添加了train-test time augmentation, 另外考虑时间因素移除了pseudo_label, 故估计实际上升为2个千分点左右。
- 伪标签 pseudo label
在预测完成后,使用预测结果和原训练集一起作为新的训练集再次训练一个模型做预测。LB上升1个万分点(96.29->96.30)
主要提升的过程
algo | LB |
---|---|
bert-base | 94.45 |
ernie | 95.08 |
ernie + pseudo_label | 95.16 |
ernie + bert-base + cwe + pseudo_label | 95.59 |
ernie + bert-base + cwe + train-test_time_aug | 95.75 |
ernie + cwe + roberta-large-pair + train-test_time_aug | 96.10 |
erinie + cwe + roberta-large-pair + train-test_time_aug + oov_sick_data_augmentation | 96.29 |
erinie + cwe + roberta-large-pair + train-test_time_aug + oov_sick_data_augmentation + pseudo_label | 96.30 |
题外话
- 基本没调参,roberta-large-pair稍微调了一下,但是毕竟dev不是特别可信... 中间一段时间(3.10~3.17)提升比较多,然后最后10天开始玩杂技,比较想通过数据增强来获得更多的提升,一直没有提升...毕竟猜到测试集里的语义匹配信息以及病例信息难度过高...最后2天幡然悔悟调了调参,dev上暴涨3个千分点,然后LB暴跌了3个千分点。。。还是头太铁了,调参绝非一日之功。
- 没有用K折的原因:因为使用train-test time augmentation已经6个模型了,太多了我心里过意不去也不好调,故放弃了K折,实际上我的train-test time augmentation也有一定的去随机性作用,其实可以考虑加个3折比较合适。
- 没有用fgm & pgd的原因:纯菜。看了大佬们的post后试了一下,pgd效果爆棚,已经在这个github里更新了这两个算法和相关的参数。
- 本人第一次打nlp的比赛,打过两次feature-based,都被吊打。。。奇淫技巧实在不会,所以在一开始的时候就把重心放在数据上,毕竟对新手比较友好,提升的机会更大。
- 由于数据集正负比例尚可,没有使用focal loss
- 实际上一直有考虑将病种信息编码并作为特征之一,但是考虑到存在OOV的病种,是一大问题。如果使用增强后(包含OOV病种的数据)数据,然后将类别信息编码为one-hot形式,然后与bert模型输出pool进行concat然后再dropout接fc也是思路之一,但是后面一段时间一直纠结数据去了。
- 尝试了特征工程,效果不是特别好。具体表现为,使用ernie得到的pool结果作为特征,在训练集上五折可以得到96+的oof acc,但是在验证集上仍然只有94左右的acc,严重不对齐,遂放弃。
- 尝试了使用textrank提取两个query中的keyword及其pr值,然后设计公式来使两个query的(keyword,pr)二元组列表交互来产生特征,效果也很一般。也尝试过一些其他 chip2019 top1解决方案 中的特征,都不太好。
- 尝试了将待预测数据中的病名替换为已知病名来进行增强,效果比较差。事实证明,病名与其病理之间存在较强联系。
- 尝试了根据已知标签比例修正logits转为标签的阈值,效果也不好。
- 尝试使用多轮伪标签,效果也不好。
- 尝试使用多次迭代的伪标签,每次使用预测信心最高的60%测试集样本加入训练集,效果更差。。。实际上根据测试,每次预测信心最高的60%测试样本的正确率为99+,基本相当于训练样本了。推测是因为加入大量同类型(简单)样本改变了数据集结构导致模型性能下滑。
- 尝试了将病种名直接拼接进问句对,效果很一般
- 尝试了将两个query中的最长公共子字符串去掉,效果下跌比较严重。
- 有一个想法是在预测时对测试数据进行pgd和fgm扰动(单纯扰动),感觉会有挺好的效果
- 通过判别模型来筛选增强数据
- multidrop
- 通过kl散度来判别与原始分布的距离
- ...尝试过的方法很多,有些都忘记了,总之鼻青脸肿,最后十天纯撞
2. 代码说明
-
代码主体结构
依照代码规范的代码主体结构project |-- README.md |-- data |-- user_data |-- code |-- prediction_result
-
data
文件夹
其中Dataset
文件夹下内容已经确定,这里对External
文件夹下进行说明|-- data |-- Dataset |-- External |-- models |-- ernie |-- chinese_wwm_ext_pytorch |-- roberta_large_pair |-- knowledge |-- sick2drugs.json
其中,models
文件夹下为下载的预训练模型,knowledge
文件夹下为从互联网获取的医药专业知识映射:适用症的用药列表。获取的爬虫文件放在code
文件夹下。 -
user_data
文件夹|-- user_data |-- model_data |-- pretrained |-- pretrained_reverse |-- pseudo |-- tmp_data |-- tmp.dat
model_data
文件夹下放有三个文件夹,分别为pretrained
,pretrained_reverse
以及pseudo
文件夹,由于本解决方案使用了正序-逆序的训练时-测试时增强,故需要使用正序以及逆序两套模型,最后使用伪标签也会再次训练一个模型,分别保存在这三个文件夹下。 -
code
文件夹|-- code |-- run.sh |-- run.py |-- run_glue_for_test.py |-- data_augmentation.py |-- drug_crawler.py
code
文件下存放着 -
run.sh
为训练以及测试的入口脚本 -
run.py
为算法的主体代码 -
run_glue_for_test.py
为训练模型的主体代码; 修改自huggingface的transformers/examples/run_glue.py
-
data_augmentation.py
为数据增强的代码 -
drug_crawler.py
为获取病名——药品名映射词典的爬虫注: 修改了
transformers
的processor
部分源码来适应本次比赛任务 ,修改后的源码为code
文件夹下data
文件夹,运行时安装完transformers
后替换即可。
3. 运行环境
- 软件环境
dependency | version |
---|---|
pytorch | 1.3.1 |
cuda | 10.1.243 |
numpy | 1.17.3 |
pandas | 0.25.3 |
transformers | 2.5.1 |
tqdm | 4.36.1 |
* 硬件配置 | |
因为
roberta_large_pair
使用
128
的
max_seq_length
,故16G显卡会OOM,原本训练时使用的是一张NVIDIA V100 NVLINK 32GB。
|
4. 运行说明
-
step1 使用
python data_augmentaion.py
生成增强数据 -
step2 使用
sh run.sh
来训练和测试,具体的参数可以使用python run.py --help
来查看参数列表及其用途。
5. 参考资料
预训练模型来源
- ernie from 百度,这里提供的地址是pytorch版本的仓库。 下载地址
- bert_wwm_ext from 哈工大讯飞联合实验室 下载地址
- roberta_large_pair from CLUE 下载地址
先验医药知识来源
参考文献
- 新冠疫情防控常态化下微博评论情感倾向与归因分析(南昌大学·王森)
- 禽类重大疫情应急管理系统设计与实现(湖南农业大学·严璐)
- 新冠肺炎领域本体构建研究(军事科学院·肖宇)
- 多维特征融合的重大疫情微博舆情画像模型研究(燕山大学·周鑫)
- 面向“新冠肺炎疫情”热点事件的知识图谱构建研究(新疆财经大学·黎洁君)
- 基于知识图谱的新冠疫情热点事件主题演化分析(新疆财经大学·宋爽)
- 数据可视化技术及其在疫情防控中的应用研究(武汉轻工大学·蒋迎香)
- 基于情感倾向的网络舆情分析系统的设计与实现(齐鲁工业大学·宋晓彤)
- 涉疫虚假广告的批评话语分析与治理研究(华南理工大学·蔡舒亭)
- 基于深度学习的新型冠状病毒肺炎多关系抽取算法的研究与应用(吉林大学·关鸿睿)
- 基于情感倾向的网络舆情分析系统的设计与实现(齐鲁工业大学·宋晓彤)
- 基于深度学习的新型冠状病毒肺炎多关系抽取算法的研究与应用(吉林大学·关鸿睿)
- 数据可视化技术及其在疫情防控中的应用研究(武汉轻工大学·蒋迎香)
- 新冠疫情舆情信息分析系统的设计与实现(华中科技大学·胡永辉)
- 基于自定义词典的网络文本情感分析方法(电子科技大学·何博)
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